ويعتبر الإمام جعفر الصادق بين مؤرخي العلوم ومن الرواد الأوائل في مجال علم الكيمياء، لقد استخدم بكل ذكاء ودهاء طاقاته وإمكاناته الفكرية في تنشيط البحث العلمي، ونشر الحقائق العلمية في المجتمع، وحث طلابه على دراسة العلوم التطبيقية، لأنها المصدر الرئيسي للصناعات المختلفة. والثابت ان الإمام جعفر الصادق كان بارعا وله باع طويل في الزجر والفأل.
يقول جابر الشكري في كتابه الكيمياء عند العرب (أما الإمام جعفر الصادق الرائد الثاني للكيمياء عند العرب ـ بعد خالد بن يزيد بن معاوية ـ، فإنه سليل الدوحة النبوية، وسيد سادات قريش، وكانت له مكانته في مجتمعه، والصدارة في تفقهه بأصول الدين والحكمة، والمعرفة والعلم، ومن ذلك نستطيع القول ان لا ضير في أن يعمل ويقول في العلم الجديد. وجميع الدلائل تشير إلى كل من خالد بن يزيد بن معاوية والإمام جعفر الصادق كانا فعلا أول من تكلم في علم الكيمياء من العرب).
كان الإمام جعفر الصادق تقيا زاهدا عالما فقيها، وفوق هذا كله اهتم اهتماما بالغا في تعليم علم الكيمياء في مدرسته لما رأى من الفائدة لها في الحياة الانسانية حاضرا ومستقبلا، لأنها تعتمد على التجربة العلمية المخبرية للكشف عن الحقائق العلمية الضرورية في الحياة (عقاقير). والحق ان الإمام جعفر الصادق حارب بكل ما أتاه الله من قوة الخرافة والوهم والأساطير التي كانت مسيطرة على تفكير علماء اليونان الأوائل في ميدان علم الكيمياء.
يقول محمد يحيى الهاشمي في كتابه الكيمياء في التفكير الاسلامي (وعلم ما يظهر انه كانت عنده قناعة أنه يمكن السيطرة على المادة بواسطة الاكسير. ومما لا يقبل الجدل أن الإمام جعفر الصادق يعتبر ثاني من أسهم في تعريف علم الكيمياء للأمة الاسلامية ـ بعد خالد بن يزيد بن معاوية ـ. فقد طور هذا الحقل بطرق مباشرة وغير مباشرة. فهو الذي دفع شباب الأمة الاسلامية الى دراسة هذا الحقل المهم، ومنهم جابر بن حيان).
والمعروف ان الإمام جعفر الصادق كانت له مكانة عالية جدا أمام الناس، فبدون شك ان تحمسه لدراسة علم الكيمياء دفع عجلة تقدم هذاالعلم الحيوي، وجعل الناس في العصر الأموي يقبلون على الترجمة والتأليف ودراسة هذا الموضوع الخطير عن كثب، لأن كتب الكيمياء كانت آنذاك مملوءة بالرموز المدغمة الصماء والطلسمات التي تحتاج الى من يفكها. ويثبت عدم جدواها بالتجربة العلمية المخبرية.
يقول محمد فياض في كتابه جابر بن حيان وخلفاؤه (إن الإمام جعفر الصادق يعتبر ثاني المشتغلين في علم الكيمياء. فكان له تأثير عظيم على تقدم هذا العلم المرموق، وذلك بحكم منزلته المحترمة أمام الناس التي جعلت الطلاب يقدمون على دراسة علم الكيمياء بكل جدية وإخلاص. وفي مقدمتهم مؤسس الكيمياء الحديثة جابر بن حيان).
