وعرف عن جواثا أنها مركز تجاري تقصدها القوافل التجارية وتعود منها محملة ببضائع التمور والمنتجات الزراعية والعطور، وربما كانت سوقا تجارية ترد إليها تجارة جنوب الجزيرة العربية لموقعها المميز وتقع على طريق القوافل المتنقلة من الساحل إلى وسط الجزيرة العربية واستمر عمرانها خلال الفترات الإسلامية المبكرة.
وتبنت مؤسسة التراث الخيرية ترميم المسجد ضمن «البرنامج الوطني للعناية بالمساجد العتيقة» الذي بدأته المؤسسة بالتعاون مع وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف، ثم انضمت له الهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني.
وتكفلت الهيئة الملكية للجبيل وينبع بتكاليف ترميم المسجد مع عدد آخر من المساجد التاريخية بالمنطقة الشرقية، وانتهت مؤسسة التراث من ترميم المسجد مطلع شهر ذي القعدة من عام 1430، وفق الأسس العلمية لترميم المباني الأثرية، وبإشراف فني من الهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني، وأعدت المؤسسة دراسة معمارية تاريخية للمسجد، لتحديد نوعية الأسقف المستخدمة في البناء الأصلي، وشكل الأبواب والنوافذ، وبعد ذلك اعادت بناء الأجزاء المُنهارة من المسجد، وترميم بقية الأجزاء بما يحفظ للمسجد أصالته، ويبقيه على هيئته الأولى قدر المستطاع ليظل محتفظا بطابعه المعماري.
