ويتكون المبنى من بدروم ودور أرضي وميزانين، يشمل الطابق الأرضي قاعة عرض رئيسية إضافة إلى 6 قاعات لكل منها سيناريو عرض خاص، بينما يشمل البدروم قاعات عرض ومكتبة ومخازن ومكاتب إدارية.
ويعرض المتحف نحو 1000 قطعة من الآثار المصرية القديمة واليونانية-الرومانية والقبطية والإسلامية، وتضم مخازن المتحف مئات القطع الأخرى جاهزة للعرض بالتتابع.
وقال وزير الآثار: «هذا المتحف حلم ثقافي طويل جدا، بدأت فكرته في الثمانينات عندما خصصت المحافظة عام 1989م أرضا مساحتها 5600 متر مربع شرقي النيل لإقامة متحف يليق بحضارة وعظمة سوهاج. تم ضم بعد ذلك مساحة 950 مترا مربعا، لتصبح بذلك مساحة المسطح 6500 متر مربع تقريبا».
