وتناوب على إمامة المسجد مشايخ من أسرة أبي بكر، منهم الشيخ بن محمد عمر الملا الشهير بأبي بكر الكبير ، والشيخ عبدالله الملا المعروف بأبي بكر الصغير، والشيخ أحمد أبو بكر الملا ، ومن بعده أبناؤه، ويقع مسجد أبو بكر وسط حي الكوت القديم بمدينة الهفوف بمحافظة الأحساء ، ويبعد المسجد نحو 200 م شرق مقبرة الكوت ، ونحو 390 م جنوب غرب قصر إبراهيم.
ويتميز مسجد أبو بكر ببنائه على طراز معماري فريد ، حيث كان بناؤه من الطين والحصى وجذوع خشب النخل ، وتبلغ مساحة المسجد قبل التطوير نحو (565م2) ، ويتسع إلى نحو 125 مصليًا ، ويتكون المسجد من بيت للصلاة بمساحة (5.65*13.7م ) ، وساحة خارجية بمساحة (15.85*16.35م) مظلل جزء منها ، ومستودع مكون من غرفتين تبلغ مساحة كل منهما 12.5م2 ، وسكن للإمام مساحته نحو (127م2 ) ، بالإضافة إلى دورات للمياه تبلغ مساحتها (40م2).
وبعد تطويره في وقتنا الحالي يتكون مسجد الحديثة من بيت الصلاة والسرحة ومستودع، وسكن الإمام وغرفة نوم ومطبخ ودورات مياه، ومصلى للسيدات ودورات مياه ومواضئ للرجال والسيدات، وبئر وماء سبيل ، وتبلغ مساحته ( 565م2 ) ، ويتسع =لـ (166) مصليًا.
