وعملت الوكالة من خلال كوادرها النسائية العاملة بالمسجد الحرام على تفعيل العديد من البرامج والمبادرات العلمية والفكرية والثقافية لمختلف الفئات وتفعيل دور إدارة مقرأة الكتاب والسنة النسائية، وإدارة الأمن الفكري مع العناية بقضايا الأمن الفكري وتعزيز الوسطية والاعتدال وثقافة الحوار وآداب الاختلاف للوقاية من الانحرافات الفكرية لدى منسوبات الوكالة وقاصدات بيت الله الحرام.
كما تعمل الوكالة على نشر الوعي الفكري والدعوي من خلال إقامة لقاءات توعوية وفكرية عن الأمن الفكري، وكذلك عمل بحوث علمية وبطاقات دعوية عنه، تستهدف منسوبات وكالة الشؤون النسائية كما تتضمن أعمال الوكالة العناية بشؤون القرآن الكريم والسنة النبوية فيرتكز عملها على تعليم التلاوة الصحيحة لقاصدات بيت الله الحرام مع إمكانية تحسين التلاوة ومراجعة الحفظ لهن على يد نخبة من الكفاءات الحافظة لكتاب الله عز وجل.
وتقوم الوكالة بتقديم دروس السنة النبوية المطهرة بأماكن متفرقة داخل المسجد الحرام وتفعيل حلقات تصحيح وإتقان تلاوة القرآن الكريم والتسميع وتجويده داخل المصليات النسائية، إضافة إلى إقامة مجالس في شروحات السنة النبوية الصحيحة.
