وتبرز وسط منطقة الأخدود الأثرية القلعة المبنية بشكل مربع، ولها بوابتان رئيستان يربط بينهما ممر تتوزع على جانبيه غرف وممرات فرعية، نقش عليها العديد من الرموز والكتابات والرسومات الصخرية، فيما يقع في الجزء الشمالي الشرقي من الموقع رحى حجرية كبيرة من الجرانيت تستخدم لطحن الحبوب الغذائية ضمن منطقة السوق والمسجد، الذي تم اكتشافه عام 1417هـ.
أدوات حجريةوبدأ التنقيب في منطقة الأخدود الأثرية في نهايات القرن العشرين، ومرت بما يقارب 7 مواسم تنقيب، وأبرز ما تم في تلك المواسم اكتشاف العديد من القطع الأثرية والمدافن والقبور، التي يعود بعضها إلى ما قبل الميلاد وبعضها للفترات الإسلامية، فيما احتوت القلعة الرئيسة «الحصن» على نقوش ورسوم حيوانية وإنسانية وأسماء لأشخاص منقوشة على الجدران، كما اكتشف المنقبون مسجدا يعود إلى القرن الهجري الأول في الجزء الشمالي من الموقع، إلى جانب وجود أدوات حجرية كان يستخدمها الإنسان منذ العصر الحجري مرورا بالعصر الفخاري، وزجاج وبعض المجوهرات المصنوعة من الفضة والنحاس والذهب.
المدينة القديمةوبحسب أستاذ التاريخ الإسلامي المشارك بجامعة نجران عوض بن عبدالله العسيري، فإن أكثر من مؤرخ وبلداني مثل «الهمداني» و«البكري» يجمعون على أن موقع مدينة الأخدود لم يكن سوى مدينة نجران القديمة وسوقها التجاري الواقع على طريق القوافل التجارية القديمة قبل أن تندثر في القرن الرابع الهجري، وتنتقل إلى مكان آخر قريب.
اهتمام المؤرخينولم يقتصر ذكر نجران على النقوش، فقد أشار إليها عدد من المؤرخين والجغرافيين الكلاسيكيين مثل «سترابون»، و«وبليني»، كما أشار لها بطليموس في كتابه «الجغرافيا» في أثناء استعراضه أهم المدن الواقعة على طريق البخور القديم إلى بلاد العربية السعيدة -أي جنوب الجزيرة العربية- وفي التاريخ الحديث حظيت المنطقة باهتمام عدد من الرحالة الأوروبيين، الذين زاروها ووثقوا بعض نقوشها ونقبوا في آثارها ووثقوها في أعمال ترجم بعضها إلى اللغة العربية.