تقوم الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي بتنقية هواء التكييف داخل المسجد الحرام تسع مرات يومياً، وتعقيمه بالأشعة فوق البنفسجية قبل إخراجه إلى أرجاء البيت العتيق، من خلال أجهزة تكييف خاصة تمد منظومة المسجد الحرام بالهواء البارد مع تنقية الهواء من الجراثيم بنسبة (100%)، حيث تقوم وكالة الشؤون الفنية والتشغيلية والصيانة وإدارة المرافق بالرئاسة بتشغيل وصيانة المنظومات الإلكتروميكانيكية بالمسجد الحرام، وتمد المنظومة المسجد الحرام بالهواء البارد.
وتستهلك منظومة التبريد طاقة تصل إلى (159) ألف طن تبريد، وتصنف ضمن أكبر منظومات التبريد في العالم، وتضخ طاقتها عبر محطتين رئيسيتين هما الأكبر عالمياً وهي: محطة كدي، ومحطة الشامية، وتقدر الطاقة التي تنتجها محطة الشامية بـ (120) ألف طن تبريد، وتبعد عن المسجد الحرام مسافة (900) مترٍ، أما محطة أجياد فتصل قدرتها الإنتاجية إلى (39) ألف طن تبريد، وتبعد (500) مترٍ.
وتقوم مبردات المحطتين بتبريد المياه ما بين (4) إلى (5) درجاتٍ مئوية، وتضخها عبر الأنابيب للمسجد الحرام، ثم إلى وحدات مناولة الهواء بالغرف الميكانيكية؛ ليتم فيها عملية التبادل الحراري، ثم يدفع الهواء النقي المبرد لجميع أرجاء المسجد الحرام.
وقد قامت وكالة الشؤون الفنية والتشغيلية والصيانة وإدارة المرافق برئاسة شؤون الحرمين بتجديد وتطوير وحدات مناولة الهواء، واستبدال جميع المبادلات الحرارية بمبادلات جديدة، إضافة إلى تغيير جميع الفلاتر الخاصة بتنقية الهواء بشكل دوري.
ويُنقى الهواء عبر وحدات مناولة الهواء، بعد سحب الهواء الطبيعي من سطح المسجد الحرام، ويتم ذلك على عدة مراحل، عن طريق فلاتر تعمل بكفاءة وتقنية ترشيح عالية، تمنع مرور جزيئات الغبار والجسيمات الصغيرة.