وبحسب اللائحة فإن الهيئة تصدر أو تجدد أو تلغي أو توقف التراخيص ووضع الشروط والضوابط لأي أعمال أخرى ذات علاقة تتم ممارستها من قبل المرخص لهم، وفق اللوائح التنظيمية لكل ترخيص.
ووفقًا للائحة، تصدر الهيئة أو تجدد أو تلغي أو توقف الرخص الفردية، وتضع الشروط والضوابط والمتطلبات وفق اللوائح التنظيمية لكل رخصة.
وذكرت اللائحة أن التراخيص تصنف حسب طبيعة ونوعية الأنشطة والخدمات المقدمة في الموانئ، وتُعدّ الهيئة اللوائح التنظيمية لكل نوع من أنواع التراخيص على أسس ومعايير تجارية، وبما يمكنها من تنظيم خدماتها وتطويرها، وجذب الاستثمار، مبينة أن المقابل المالي يختلف للترخيص باختلاف نوع وطبيعة النشاط محل الترخيص وتحدد قيمته في اللوائح التنظيمية الخاصة بكل ترخيص.
ومنحت اللائحة الحق للهيئة في اتخاذ كل الإجراءات اللازمة المنصوص عليها في حال ارتكاب المرخص له مخالفة أحكام اللائحة واللوائح التنظيمية وأنظمة وتعليمات الهيئة أو الميناء والمخالفة أثناء مزاولة النشاط والأنظمة والقواعد والتعليمات المعمول بها في المملكة وعدم التزام المرخص له لشرط أو أكثر من شروط الترخيص وإخفاق المرخص له في تحقيق مؤشرات الأداء والكفاءة في تقديم الخدمة بالشكل المطلوب، وكذلك إذا ثبت للهيئة أن الحصول على الترخيص كان بناء على تقديم معلومات أو بيانات أو مستندات غير صحيحة ومزاولة أنشطة مخالفة للنشاط المرخص له وعدم رضا العملاء من جودة وكفاءة الخدمة المقدمة.
وبخصوص إجراءات المخالفات للمرخص له، أوضحت اللائحة أن الإجراءات تتمثل في إنذار المرخص له بتصحيح الوضع خلال مدة تحددها الهيئة وفرض غرامة مالية حسب لائحة مزاولة نشاط كل ترخيص والإيقاف المؤقت للترخيص خلال مدة تحددها الهيئة حسب طبيعة ونوع الترخيص وإذا كانت طبيعة النشاط أو الخدمة المقدمة لا يحتمل الإيقاف المؤقت، فإنه يحق للهيئة إلغاء الترخيص واتخاذ كل الإجراءات النظامية لإحلال مرخص بديل للاستمرار في تقديم الخدمة مع الاحتفاظ بحق الهيئة في الرجوع على المرخص بجميع التكاليف والتعويضات، التي تترتب على إلغاء الترخيص وعدم إصدار ترخيص جديد أو تجديد ترخيص قائم، ويحق للهيئة في حالة عدم التزام طالب الترخيص بسداد المقابل المالي أو أي من مستحقات مالية أخرى مترتبة على الترخيص إيقاف أو إلغاء الترخيص وفق ما تراه ملائمًا لذلك وإيقاف أو سحب الرخص الفردية.
وذكرت اللائحة أن المرخص أو المصرح له يخضع لأعمال الرقابة والتفتيش وفقًا للوائح والضوابط والأدلة والتعليمات التي تضعها الهيئة، منوهة بعدم أحقية التنازل عن الترخيص أو استناد جزء أو كل الأعمال أو الأنشطة المرخص بمزاولتها للغير بمقابل أو بدون مقابل دون الرجوع للهيئة وأخذ الموافقة الخطية المسبقة على ذلك، وكذلك عدم جواز التنازل أو نقل أو إحالة التصريح الصادر إلى أي جهة أخرى أو السماح لغيره باستعماله.
ووفقًا للائحة، فإن الهيئة تحصل على 30 ألف ريال عن كل ترخيص جديد أو عند تجديد الترخيص بالنسبة للوكلاء الملاحيين، فيما يبلغ الضمان البنكي 500 ألف ريال، بينما صلاحية الترخيص 36 شهرا، بالإضافة إلى تحقيق نسبة السعودة بما لا يقل عن 10 %، بينما تحصل الهيئة على 10 آلاف ريال عن كل ترخيص جديد أو عند تجديد الترخيص بالنسبة لمموني السفن والضمان البنكي 200 ألف ريال وصلاحية الترخيص 36 شهرا وتحقيق نسبة السعودة بما لا تقل عن 60 %.